水稲耕作技術を中心とした生活体系が伝わり、九州、四国、本州に広がった。 初期の水田は、福岡市博多区にある板付遺跡や、佐賀県唐津市の菜畑遺跡、福岡県曲り田遺跡、福岡県野多目遺跡などで水田遺跡や大陸系磨製石器、炭化米等の存在が北部九州地域に集中して発見されている。 弥生時代のはじまりである。
近年になって水稲である温帯ジャポニカは縄文晩期には導入されていたことが判明しつつあり、さらに近年の放射性炭素年代測定により弥生時代の始まりが少なくとも紀元前10世紀まで遡る可能性が出てきている。
また、稲の伝来ルートについても従来は朝鮮ルートが有力視されていたが、遼東半島や朝鮮北部での水耕田跡が近代まで見つからないこと、朝鮮半島での確認された炭化米が紀元前2000年が最古であり畑作米の確認しか取れない点、極東アジアにおける温帯ジャポニカ種（水稲）/熱帯ジャポニカ種（陸稲）の遺伝分析において、朝鮮半島を含む中国東北部から当該遺伝子の存在が確認されないこと[5]などの複数の証左から、水稲は大陸からの直接伝来ルート（対馬暖流ルート・東南アジアから南方伝来ルート等）による伝来である学説が有力視されつつある（従来の説とは逆に水稲は日本から朝鮮半島へ伝わった可能性も考えられている）。
紀元前10世紀後半に北部九州に伝わった水田稲作は、近畿南部に伝播するまでに300?400年、南関東までは実に700?800年ほど経過している[6]。昭和56年(1981)、弥生時代中期の遺跡が青森県南津軽郡田舎館村垂柳遺跡から広範囲に整然とした水田区画が見つかっている[7]。その後、弥生時代前期には東北へと伝播し、青森県弘前市砂沢遺跡では小規模な水田跡が発見され、中期には、中央高地の松本平、千曲川流域までひろがった。中部地方の高地にひろがるまでには200年という期間がかかった。その理由の一つに感光性のモミが日照時間の短い中部高地では育たないということがあげられる。 水稲農耕は、かなりな速さで日本列島を縦断し伝播波及したといえる。
水田を作った人々は、弥生土器を作り、多くの場合竪穴住居に住み、倉庫として掘立柱建物や貯蔵穴を作った。集落は、居住する場所と墓とがはっきりと区別するように作られ、居住域の周囲にはしばしば環濠が掘削された。 道具は、工具や耕起具、調理具などに石器を多く使ったが、次第に石器にかえて徐々に鉄器を使うようになった。青銅器は当初武器として、その後は祭祀具として用いられた。また、農具や食膳具などとして木器もしばしば用いられた。
弥生時代には農業、特に水稲農耕の採用によって穀物の備蓄が可能になったことから、余剰作物の生産と蓄積がすすみ、これが富に転化することにより、持てるものと持たざるもの、ひいては貧富の差や上下関係が生まれた。 また、水稲耕作技術の導入により、開墾や用水の管理などに大規模な労働力が必要とされるようになり、集団の大型化が進行した。大型化した集団同士の間には、富や耕作地、水利権などをめぐって戦いが発生したとされる。 このような争いを通じた集団の統合・上下関係の進展の結果、やがて各地に小さなクニが生まれ、1世紀中頃に「漢委奴國王の金印」が後漢から、3世紀中葉には邪馬台国の女王（卑弥呼）が魏に朝貢し、倭の王であることを意味する金印を授けられた。 なお、この頃以降の日本は、大陸からは倭と呼ばれた。
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一方、南西諸島と樺太・北海道には水田が作られず、南西諸島では貝塚時代、ついでグスク時代、樺太・北海道では続縄文時代、ついで擦文時代（さつもん）が続いた（また、本州東北地方では、青森県垂柳遺跡のように弥生時代前期の水田の事例もあるものの、一般的には中期後半前後まで水稲農耕は完全に受容されたとはいえず、北海道に準じ続縄文文化が展開したとの見方もある）。 併合の記載があるまで、以後の記述は、九州・四国・本州を指す。南西諸島の歴史については、沖縄県の歴史他奄美諸島の歴史、先島諸島の歴史も参照のこと。
弥生時代後期・終末期の2、3世紀ごろは、やや冷涼な気候であった。 また、3世紀は海退期であり、海が退いていき沼や湖が干上がり、その底に溜まっていた粘土の上に河が運んできた砂が溜まっていく時期であった。